A poluição nas represas, seja por esgotos domésticos ou por fertilizantes usados na agricultura, garante o aporte de nutrientes para as águas. E por se tratarem de locais onde há retenção da água por longos períodos, existe um maior acúmulo de poluentes e um aumento considerável da biomassa levando ao crescimento das algas. Classificados como organismos autótrofos, as algas são capazes de sintetizar seu próprio alimento e para isso necessitam de apenas alguns nutrientes inorgânicos como nitrogênio, fósforo e potássio, além de grande área de incidência da luz solar.

A proteção do entorno dos reservatórios pode ser feita com revegetação a partir de espécies nativas da própria região e também com o controle das ocupações urbanas irregulares em seus arredores. Grandes reservatórios do país, como as represas Billings e de Guarapiranga, localizadas na Região Metropolitana de São Paulo (SP), sofrem as consequências deste processo.

Existem atualmente equipamentos que monitoram os corpos hídricos 24 horas, transmitindo informações em tempo real para uma central de monitoramento possibilitando que as ações sejam tomadas em tempo adequado. A detecção e quantificação de toxinas de cianobactérias podem ser realizadas através de métodos biológicos, químicos e bioquímicos.

Pesquisa da Universidade Federal do Piauí alertou para a existência de metais pesados nos lençóis freáticos em áreas próximas ao aterro sanitário de Teresina, capital do estado. A contaminação foi detectada na água coletada em dois poços de controle, sendo que o mais fundo deles está a 14 metros da superfície. Em Teresina, o chorume (líquido de alta carga orgânica e química, com potencial explosivo) fica depositado em uma espécie de lagoa. O estudo aponta a presença de cobre, chumbo, crômio e zinco em líquidos subterrâneos próximos à área do aterro.